Курение приводит к выраженным изменениям внутренних органов; чаще всего поражаются органы дыхания, сердечно-сосудистая система, желудочно-кишечный тракт. От рака лёгких гибнет больше людей, чем от любого другого вида рака. По современным данным учёных из США, порядка 90 % случаев рака лёгких связаны с курением в анамнезе. Курильщики болеют раком лёгких в несколько раз чаще, чем некурящие (основными этиологическими факторами считаются радон, бензпирен и нитрозамины, содержащиеся в табачной смоле. Никотин не является канцерогеном.). Курение также увеличивает вероятность и других видов рака, в частности рака пищевода и рака полости рта. Кроме рака лёгких, курение вызывает также эмфизему лёгких — хроническое заболевание, связанное с необратимой дегенерацией лёгочной ткани. Помимо этого, курение увеличивает вероятность сердечно-сосудистых заболеваний, в частности инфаркта. Курение также увеличивает вероятность рака лёгких у окружающих (т. н. пассивное курение). В США в середине 1990-х годов погибало от пассивного курения по 3000 человек в год. Согласно некоторым данным, среднее уменьшение продолжительности жизни у курильщиков составляет 10 лет.

К негативным последствиям курения относятся жёлтые зубы, неприятный запах изо рта, неприятный запах от волос, неприятный вкус во рту по утрам. По некоторым данным, курение усиливает алкогольное опьянение в полтора-два раза.

Несмотря на огромный объём накопленных данных о вреде курения, существуют и научные работы, говорящие об обратном. Язвенный колит наблюдается у некурящих людей в два раза чаще, чем у курящих. Никотин табачного дыма обладает противовоспалительными свойствами. Есть данные, что никотин, в связи со своим действием на баланс медиаторов ацетилхолина и дофамина в ЦНС, снижает вероятность болезней Паркинсона и Альцгеймера, однако, есть и научные работы с диаметрально противоположными выводами. Есть данные, что курение снижает риск развития рака эндометрия (в связи с доказанным антиэстрогенным действием никотина), но эти данные также оспариваются.